Auf den ersten Blick sieht eine Barockgeige aus wie eine Geige. Die Unterschiede bemerkt man erst beim genaueren Hinsehen: Der Hals der Barockgeige ist kürzer, er ist nur wenig abgewinkelt. Kinnhalter und Schulterstütze fehlen. Das Instrument ist mit Darmsaiten bespannt, die teilweise nicht umwickelt sind. Bei den Celli fehlt der Stachel: Sie werden nicht auf den Boden, sondern auf die Unterschenkel abgestützt. Die Bögen sind leichter, verfügen über eine schmalere Behaarung und eine auslaufende Spitze.

Ungewohnt sehen die Holzblasinstrumente aus: Oboen und Klarinetten bestehen meist aus hellbraunem Buchsbaumholz, sie haben nur wenige Klappen, und ihre Innenbohrung verläuft anders. Auch die Traversflöte besteht aus Holz, im Gegensatz zur modernen Querflöte, die zwar zu den Holzblasinstrumenten zählt, aber heute in der Regel aus Silber gefertigt wird.

An sich wären die Unterschiede uninteressant zwischen den historischen Instrumenten (aus dem 17. und 18. Jahrhundert) und den heute vorwiegend bekannten Instrumenten (aus dem 19. Jahrhundert: auch sie sind keine "modernen" Instrumente!), hätten sie keinen so grossen Einfluss auf den Klang. Die Barockgeige klingt schärfer und reicher an Obertönen, aber leiser als eine moderne Violine. Bei den Holzbläsern fällt auf, wie unterschiedlich die einzelnen Töne klingen: Offen und klar das d, gedeckt und weicher das cis beispielsweise. Der Klang der Oboen mischt sich sehr gut mit demjenigen der Geigen, wenn die Instrumentengruppen dieselbe Stimme spielen; solistisch eingesetzt, ist die Oboen-Klangfarbe jedoch unverkennbar. Gleiches gilt für das Fagott, das in aller Regel dieselbe Stimme spielt wie Violoncello und Violone. Die Naturtrompete klingt nicht nur edler, sondern auch leiser als ihr modernes Pendant. Grossen Einfluss auf den Klang hat zudem die Spieltechnik. Als Beispiel sei das fehlende Vibrato erwähnt, präziser: dass die Streicher nicht dauernd vibrieren, sondern nur als Verzierung. Historische Instrumente klingen nicht nur anders, sie artikulieren auch anders als moderne. Die Artikulation des Einzeltones in der Musik - Ansatz und Strichart - ist verwandt mit der Artikulation von Silben beim Sprechen, und die Musik vor 1800 verstand sich selber als "Sprache in Tönen". Der Ton soll körperhaft, nicht flächig wirken; die Barockmusik will sprechen, nicht malen. Wie der Klang, ist auch die Artikulation der Barockmusik vielfältig und von Ton zu Ton anders, keinesfalls "regelmässig".

Das Barockorchester ist einen Halbton tiefer gestimmt als das moderne Orchester: Der Kammerton a liegt bei 415 Hz, nicht bei 442 Hz. Dies bemerkt der Chor spätestens bei der ersten Probe mit dem Orchester, nachdem es mit der Begleitung des Flügels geprobt hat: Die Registerwechsel liegen an anderen Stellen. Klassische Werke - so auch der "Messias" in der Mozart-Fassung - werden nur einen Viertelton tiefer als gewohnt gespielt, nämlich mit einem Kammerton von 430 Hz. Dies liegt an den Holzblasinstrumenten der Epoche, den klassischen Oboen, Fagotten und Klarinetten, die so gestimmt sind.

Die Intonation eines Barockorchesters kennt noch mehr Besonderheiten: Leittöne und Terzen werden rein zum Grundton intoniert. Dadurch klingen beispielsweise fis und cis tiefer, b und es höher als auf einem Klavier. Wer die Stimmung nicht gewohnt ist, ist anfänglich irritiert; nach einer Weile beginnt der Hörer die Reinheit und Wärme der Musik jedoch um so mehr zu geniessen.